תוֹכֶן
מאז הרפורמציה הפרוטסטנטית במאה ה -17, קתולים ופרוטסטנטים מתנגשים בסוגיות היסוד המגדירות את אמונותיהם. במבט ראשון, הבדלים אסתטיים רבים ניכרים מיד: המיסה הקתולית המסורתית, למשל, היא הרבה יותר חגיגית וסימבולית מרוב השירותים הפרוטסטנטים. למרות שגם הקתולים וגם הפרוטסטנטים מקבלים שישוע המשיח הוא אלוהים, הם עדיין רחוקים זה מזה מבחינת הדוקטרינות הבסיסיות אודות כתבי הקודש, הישועה, הסמכות והמוסר.
תפקיד הכתובים והמסורת
גם הקתולים וגם הפרוטסטנטים מקבלים את ארבע הבשורות (ספרי המקרא מתיו, מרקוס, לוקה וג'ון) כתקפים. בנוסף, שתי הדתות מקבלות את הברית הישנה והחדשה ואת רוב הספרים הכלולים בכל אחת מהן. פרוטסטנטים רבים, לעומת זאת, אינם מקבלים ספרים אפוקריפיים.
עם זאת, חשוב יותר מבחירת הספרים, עמדתה הבסיסית של כל דת ביחס לתפקיד הכתוב בישועה. פרוטסטנטים נוקטים בגישת "Sola Scriptura", כלומר הכתוב הוא האמצעי ההכרחי היחיד להצלה ממוות נצחי. לעומת זאת, הקתולים מאמינים כי הכתוב, למרות שהוא מכיל את מלוא האמת, עומד בקנה אחד עם מסורת הכנסייה, שהחלה במשיח ונמשכת גם היום. לכן, קתולים מאמינים בתורות רבות שאינן מפורשות בכתובים. עם זאת, מה שהם מאמינים בהשראת רוח הקודש, הממשיכה למלא תפקיד בכנסייה כיום.
ישועה
המונח "ישועה" מתייחס לישועת הנפש ממוות או עונש נצחי. גם הפרוטסטנטים וגם הקתולים מאמינים שישוע המשיח הוא מושיע העולם. עם זאת, בעוד פרוטסטנטים מאמינים כי ישועה יכולה להיות מושגת פשוט על ידי אמונה של אדם באלוהים, הקתולים מאמינים כי יש לשלב את אמונת הפרט עם יצירות טובות כאן על פני האדמה על מנת לרשת את השמים.
רְשׁוּת
סמכות בתוך הכנסייה מסמנת הבדל משמעותי בין קתולים לפרוטסטנטים. פרוטסטנטים מאמינים כי התנ"ך הוא הסמכות היחידה שניתן על ידי ישו. קתולים גם מאמינים כי הסמכות ניתנת רק על ידי ישו, אך הם נבדלים באיזו מידה מרחיבה אותה סמכות. הקתולים מאמינים בסמכות הכתובים, כמו גם בסמכותו של האפיפיור, הנחשב ל"ויכר המשיח "עלי אדמות. במילים אחרות, משימתו של ישו ממשיכה להתבצע גם היום, באמצעות כתבי הקודש וגם באמצעות הוראתו וסמכותו של האפיפיור, שנבחר בכוחה של רוח הקודש.
סוגיות מוסריות
מוסר מסמן הבדל נוסף בין קתולים לפרוטסטנטים. שתי הדתות מאמינות שהמוסר מוכתב על ידי רוח הקודש. עם זאת, הפרשנויות לאמונה זו משתנות. לדוגמא, קתולים נוטים יותר לקבל נושאים מסוימים כמו אבולוציה והומוסקסואליות, מאשר פרוטסטנטים. עם זאת, קשה להכליל את המוסר הפרוטסטנטי, מכיוון שיש הרבה קהילות ופרשנויות שונות. אולם קתולים יכולים לפנות לסמכות האפיפיור בנושאים מוסריים.