תוֹכֶן
פירוק הוא תהליך שבירת חומר אורגני מת ליחידות פשוטות יותר, הנצרכות לבסוף על ידי סוגים שונים של חיידקים ופטריות. פונקציה זו חיונית לניהול אורגניזמים מתים. מושבות של חיידקים מתחילות את תהליך הפירוק זמן קצר לאחר מותו של היצור החי, בין אם זה ירק, בעל חיים או אדם. חיידקים שימושיים גם בהשפלה של שמנים שנשפכים בים או באגמים.
פירוק של בני אדם ובעלי חיים
פירוק פשוט מתחיל ברגע המוות. התהליך מתחיל באוטוליזה, פירוק חומר הגוף על ידי חומרים משלו, כגון אנזימים וחיידקים, השוכנים בדרך כלל במערכת העיכול. בני אדם ובעלי חיים אינם מפורקים רק על ידי חיידקים ופטריות. גורמים חיצוניים אחרים משפיעים גם על פירוק הגוף, כמו טמפרטורה, חרקים ותולעי אדמה. זבובי בשר וזבובי קליפורניה מטילים את ביציהם בתוך גופה של החיה המתפרקת. ביצים הופכות לזחלים, המשתתפות גם בתהליך פירוק החומר האורגני. חיידקים ספרופגיים (מתפרקים) יכולים להיות אירוביים (לנשום בנוכחות חמצן) או אנאירוביים (חיים בהיעדר חמצן) בכדי ליזום פירוק.
פירוק צמחים
האדמה מציעה מגוון רחב של מושבות חיידקים המחפשות חומר צמחי מת, כמו צמחים, להתפרקות. יש תערובת של חיידקים, פטריות וחיידקים אחרים שמתפרקים ומפרקים חומר אורגני מת. למעשה, ישנם יותר מדי סוגים לרישום, אך ישנם חיידקים ידועים ומזוהים בפירוק של חומרים אורגניים, כגון סטרפטומיס, פניצילום, בצילוס ואספרגילוס. כל המינים הללו הם חלק בסיסי בפירוק העלים ושרידי צמחים אחרים. הם הסיבה לכך שלעיתים מתים לציין עלים מתים כ"שלדים "של עלים.
מפרקי מזון
אוכל שנשכח במקרר עובר תהליך פירוק וכן עלים באדמה. למרות שהמקרר מאט את התהליך, המזון עדיין עובר השפלה ופירוק. חיידקים כמו פניציליום, Bacillus thuringiensis ושאר Bacillus ממלאים תפקיד חשוב בפירוק המזון, כמו גם בפטריות. פועלים יחד, שני אורגניזמים אלה נקראים ספרופיטים. החיידק פולש למזונות כמו פירות מפגיעה בעור. מכניסה זו, חיידקים אחרים מתיישבים ונשארים עד לפירוק האוכל. פעילות פטרייתית ניכרת כאשר היא נמצאת בסיר או אוכל שנשכח. זה ניכר גם כאשר המזון הופך לקשש ותהליך הפירוק הופך אותו לבלתי ראוי לצריכה.
פירוק שמנים
חלק ממושבות החיידקים הועילו לניקוי והשפלה של שמנים שמגיעים לאוקיינוסים. פסאודומונס, חיידקים מהונדסים גנטית, זכו לכינוי "אוכלי שמן". שימשו לראשונה לניקוי נפט שנשפך באקסון ולדז בשנת 1989, והם שימשו מספר פעמים מאז. חיידקים נוספים התורמים לפירוק שמנים הם Alcanivoraz borkuensis, מין ימי שתלוי בשמנים כדי לשרוד. הם כמעט בלתי ניתנים לגילוי במים לא מזוהמים, אך כאשר דליפות שמן מתרחשות, החיידקים מתחילים להתבטא באגרסיביות ולפרק את החומר.
